საქართველოში ზოოლოგიურ გამოკვლევებს მეცნიერული საფუძველი ჩაეყარა 1932 წელს, როდესაც დაარსდა ამიერკავკასიის ზოოლოგიური სექტორი, რომელიც შემდეგ სსრკ მეცნიერებათა აკადემიის საქართველოს ფილიალად გადაკეთდა. მოგვიანებით, 1941 წელს, მის ბაზაზე შეიქმნა საქართველოს მეცნიერებათა აკადემიის ზოოლოგიის ინსტიტუტი.
დაარსების დღიდან ინსტიტუტის საქმიანობაში გამოიკვეთა 3 ძირითადი ასპექტი:
- საქართველოს ცხოველთა ფუნდამენტური კვლევა;
- კვლევათა შედეგების პრაქტიკული გამოყენება;
- საგანმანათლებლო მუშაობა.
2009 წლის მარტიდან ინსტიტუტი წარმოადგენს ილიას სახელმწიფო უნივერსიტეტის სტრუქტურულ ერთეულს და აგრძელებს მუშაობას ტრადიციული მიმართულებით.
ფაუნის ფუნდამენტური კვლევა ითვალისწინებს უხერხემლო და ხერხემლიან ცხოველთა ბიომრავალფეროვნების, სისტემატიკის (მათ შორის კარიოლოგიური და ბიოქიმიური მეთოდების გამოყენებით), ზოოგეოგრაფიის, ეკოლოგიის, ევოლუციის, რეინტროდუქციის საკითხებისა და კონსერვაციის შესწავლას. გარდა ამისა, შეისწავლება ენტომო და ცხოველთა პარაზიტოფაუნა, საქართველოს ბუნებრივი და ხელოვნური წყალსატევების ეკოსისტემები და მათი ბიოპროდუქტიულობა.
ინსტიტუტის საქმიანობის შედეგად შექმნილია საკოლექციო ფონდი, რომელშიც ინახება საქართველოს ცხოველთა პრაქტიკულად ყველა ძირითადი ჯგუფის წარმომადგენელი (20 ათასი ერთეული).
ამჟამად ინსტიტუტის კვლევითი ინტერესს წარმოადგენს: საქართველოს ფაუნის ჩამოყალიბება და ზოოგეოგრაფია; სახეობათა ფორმირება და ევოლუციის პროცესი; დაცული ტერიტორიების ბიომრავალფეროვნება; ცხოველთა ეკოლოგია და ეთოლოგია; ბიომრავალფეროვნების კონსერვაცია.
ინსტიტუტის სამეცნიერო კვლევის შედეგები გამოქვეყნებულია ინსტიტუტის ძირითად გამოცემაში – „ზოოლოგიის ინსტიტუტის შრომები” (დაიბეჭდა 23 ტომი). გარდა ამისა, გამოიცა შემდეგი კრებულები: „მასალები საქართველოს ფაუნისათვის“, „პარაზიტოლოგიური კრებული”, „საქართველოს შიდა წყალსატევების ჰიდრობიოლოგია და იხტიოლოგია”, „ცხოველთა ონტოგენეზური განვითარება” და სხვ. აღსანიშნავია მრავალი მონოგრაფია და სამეცნიერო-პოპულარული ხასიათის ნაშრომიც. მთელი რიგი სტატიები გამოქვეყნებულია რეიტინგულ ჟურნალებში.
ინსტიტუტის საქმიანობა უპირველესად დაკავშირებულია სოფლის მეურნეობის მავნებლებთან ბრძოლის ბიოლოგიური მეთოდების შემუშავებასთან. კერძოდ, ფუნდამენტური კვლევის საფუძველზე ნემატოდების გამოყენებით შექმნილია მავნე მწერებთან ბრძოლის მეთოდიკა. ამჟამად ხდება დამზადებული პრეპარატის გამოცდა.
გარდა ამისა, მიმდინარეობს გამოყენებითი კვლევები მავნე ნემატოდებისაგან კარტოფილისა და ციტრუსების დაცვის მიმართულებით.
ინსტიტუტს მუდმივი კონტაქტები აქვს გარემოს დაცვისა და სოფლის მეურნეობის სამინისტროებთან და თანამშრომლობს მათთან ცხოველთა სამყაროს დაცვისა და რაციონული გამოყენების საკითხებში.
ინსტიტუტი ჩართულია საგანმანათლებლო საქმიანობაში, მონაწილეობს საბაკალავრო და სადოქტორო პროგრამებში. გარდა ძირითადი დაწესებულებისა, რომელიც თბილისში მდებარეობს, ინსტიტუტს აქვს: ჰიდრობიოლოგიური სადგური თბილისის ზღვაზე; ბიოლოგიური სადგურები დასავლეთ საქართველოში (ქუთაისი); ბორჯომის რაიონში (ახალდაბა), მცხეთის რაიონში (ხეკორძი).
ინსტიტუტის სტრუქტურა წარმოდგენილია 6 სამეცნიერო-კვლევითი ჯგუფით:
- ხერხემლიან ცხოველთა;
- ნემატოლოგიის;
- ენტომოპატოგენების შემსწავლელი;
- ჰიდრობიოლოგიის და იხთიოლოგიის;
- პარაზიტოლოგიის;
- კარიოსისტემატიკის.